郑芝龙主力部队未动，隆武帝命令各地火速驰援赣州府，命令江西总督万元吉死守赣州城，驰援赣州城援军有湖南两千精兵，两广地方军七千人，云南滇兵三千人等各路人马云集赣州城，还有赣州守军等各路兵马，共有四万余人，但是诸军人心不齐，缺少同清军野战勇气，清军在夜间发动对援军偷袭行动，大败明军，各路援军惧怕清军，纷纷退往雩都，韶州等地，只剩下赣州城一座孤城，城内只有大学士杨廷麟、督师万元吉、兵部尚书郭维经和一批地方官，守城兵卒不过六千名，六千士兵死守赣州城，和清军血战数日，清军从各门同时进攻，明军仍然拼死抵抗，但由于兵力悬殊，被清军突入城内，鏖战一夜后赣州城失守，大学士杨廷麟、督师万元吉、兵部尚书郭维经等明朝文武官员遇难。
赣州失守标志清军战略目标完成，福建郑芝龙集团被压缩在东南沿海一角，浙东清军击败鲁王大军后，鲁王政权瓦解，大量鲁王官员投降，其中以阮大铖最为出名，他的恩人马士英继续抗清，面对清军进攻，马士英英勇不屈，和清军对战多次，由于实力悬殊，多次作战都胜少败多，对于清军这一个庞大战争机器，马士英组织的战斗和瘙痒差不多，洪承畴调动投降明军地方军就把马士英等抗清军队打的狼狈不堪。
浙东清军和江西清军像钳子一样夹住福建，清军任命博洛为征南大将军，正是对福建发动进攻，博洛善于心理战，大军尚未逼近福建，却暗中命令苏忠贵招降郑芝龙，郑芝龙对明朝没有多少中心可言，对明朝也不抱有希望，和清军眉来眼去，隆武帝再三下旨死守仙霞关，郑芝龙暗中命令仙霞关守将武施天福放弃仙霞关天险，投降之心跃然纸上。文武大臣和满清眉来眼去，隆武帝毫无办法，在鲁王大军灰灰湮灭后，明朝在福建官员纷纷暗中派人，前往浙动向清军投递降表。
清军在全国取得绝对性优势，对于金声在南直隶发展没有足够重视，唯一李栖凤和白里翁等人对金声抱有戒心，他们拼命募集军队抵抗义军进攻，清军进攻江西和浙东明军，金声在池州府，宁国府，徽州府三府之地飞速发展，在各县修建城防工事，用来层层抵抗清军进攻。
秦楚在这期间在徽州府建立三道防线，把徽州府土地全部分下去，及时组织百姓春耕，徽州府在半个月时间聚得百姓六万余人，秦楚也终于等到石埭县回来军民。
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