郎伊达和傅魁自然不愿意葡萄牙人此时便撒手撤出可，于是断然否定了葡萄牙人的请求。又过了三天，忍无可忍的葡萄牙人选择了不告而别，为此双方打起来官司，顺水推舟的吴兴祚据此还撕毁了之前跟葡萄牙人达成的惠利协议，让敢怒不敢言的澳门葡萄牙方面对清廷的蛮横产生了极大的愤怒。
但葡萄牙人的事情到此还不算完。琼海事了后，四艘葡萄牙武装商船中的两艘克拉克船和一艘盖伦船返回了澳门，另一艘克拉克船却仅直去了广南的会安，结果正好被撤往金兰的郑军快速舰队所撞见，双方在会同外海一阵乱战，郑军以一艘沉没、两艘起火、七十七名官兵伤亡的代价当着广南人的面夺取了这艘克拉克船，消息传到澳门，澳门评议会如丧考毗，部分商人开始通过英国人向明郑方面提出了和解的请求。
按下离心离德的葡萄牙人不说，清军于十月初八接收了儋州，但郎伊达的脚步却就此停了下来，一方面郑军大肆掠夺人口造成琼州田园荒芜，清军粮秣必须指望粤省转运，另一方面齐聚琼州府城的剩余乡绅也是郎伊达急于解决的对象。
十月十三日，郎伊达以资寇、通逆的名义抓捕琼山、临高、澄迈、文昌、安定等地琼北士绅一千一百户并五千六百余口。还搞不清清军目的的士绅们纷纷提出以家财劳军的方式偿赎“己罪”，但郎伊达却六亲不认，一场来自“圣君明主”这边的屠杀便就此落到了某些甘心“贝勒爷”奴婢的汉奸头上。
十月十四日，得到补给并完成琼北“清剿”后的清军再度南进，于东线先后夺回了会同、乐会两县，重新逼近郑军在万泉河一线的防线。
此时琼北“清剿”的真实消息还没有传到琼西、琼南，因此昌化、感恩两县也先后叛离明郑的控制区，到了十月十七日，郑军已经只保有万泉河至宁远河之间的沿海地区。
十月二十日，清军四万屯兵万泉河北，但是郎伊达多了一个心眼并没有直接寇关，反而借着自己兵多，兵分两路，自万泉河上游迂回，直逼万州而去，至于郑军关于战争的设想全数落空，不得不提前撤出万州、陵水、崖州一线人员。
十月三十日，清军进入万州州城，同日，郑军在万泉河沿线所部开始撤退。
郑军的撤退自然惊动了清军，郎伊达也想要实打实的军功，所以当即驱使所部对沿线各处堡砦实施总攻，但清军的攻击却遭到了当初何傅所部一样的遭遇，各处堡砦下积尸如山，郎伊达被迫终止了以头撞墙的愚行。
由此，趁着夜色，郑军陆续撤出各砦堡的守军，十一月初一，清军在惊天动地的爆炸声中被惊醒，此时才发觉，郑军已经自行摧毁了各处堡砦，登船离开琼州，径直返回了东宁。捡了大便宜的郎伊达不得不以若干郑军来不及撤出的旗帜作为冒领军功的凭证向广东报捷，至此，郑军在琼州哨以上建制的抵抗已经不复存在了。
尽管郑军的主力已经悉数撤走，但利用琼州漫长的海岸线，郑军还以小股部队活跃在清军粮道之上，迫使清军不断加强对后方运输的护卫。当然，这一切都是回光返照了，十一月初八，清军进入陵水，十一月十四日，清军进入崖州，至此整个琼州已经落到了清军的手中，无以腾挪的郑军小部被迫撤出，这就是康熙二十六年的“琼州大捷”。
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