正当范文程励精图治业绩显著的时候，满清朝中政局发生了重大变化，使他不得不抑制雄心壮志，置身中枢之外。
摄政王多尔衮率清兵入主中原以后，权势急剧膨胀，初时晋叔父摄政王，而后再升皇叔父摄政王，顺治五年竟当上了皇父摄政王，大有取代福临帝位之势。范文程承蒙洪太特恩殊宠，知恩图报，竭力效忠朝廷，誓死不忘故主，至是，见朝政日变，多尔衮权大逼帝，同僚刚林、希宠背主转附多尔衮，福临之位岌岌可危，心中十分不满。兼之，几年以前豫王多铎夺己妻遭罚，难免有恨，恐将恃权报仇。形势非常明显，范文程要想晋爵加禄牢居相位，避免多铎谋害，就得离弃幼君投靠多尔衮，要想保持气节，忠贞不渝，就要开罪于皇父摄政王，身家性命难保。左思右想，进退两难。最后，范文程决定托疾家居。此情当然引起多尔衮不满。因此，尽管范文程于开国定制大有贡献，威望甚高，从顺治元年起就名列大学士之首，但摄政王对刚林、冯铨、祁充格三位大学士更为信用，范文程逐渐被排除于议政之外。
顺治七年，多尔衮死了，范文程终于东山再起。顺治九年范文程遇恩诏，复进世职为一等子爵，授议政大臣。顺治十年九月，年近花甲的范文程上疏，以病奏请休致。顺治十四年范文程的官衔又升了一级，顺治帝派遣画师去范文程家里画了他的像，放在宫内不时观看。
然而，顺治十八年的当下，顺治已死。范文程其时正赋闲在京。
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