只是后来身患疾病，经常请医生治疗，花费了很多家财，汤药之资，罄尽家产，久病成医，深深理解患者疾苦，于是，18岁时孙思邈便立志究医，颇觉有悟，开始为乡邻治病。是以亲邻中外有疾厄者，多所济益。
到了20岁，孙思邈就能侃侃而谈老子、庄子的学说，精通道家典籍。
孙思邈北周静帝时，杨坚执掌朝政，召孙思邈任国子博士，孙思邈无意仕途功名，认为做高官太过世故，不能随意，坚决不接受，于是出家为道，一心致力于医学。
隋朝时，见国事多端，孙思邈隐居太白山中。他一方面下功夫钻研医学著作，一方面亲自采集草药，研究药物学。认真研读《黄帝内经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等古代医书，同时广泛收集民间流传的药方，热心为人治病，积累了许多宝贵的临床经验。他从理论到实践，再由实践经验中提炼出新的医药学研究成果，以毕生精力撰成了医学著作《千金要方》和《千金翼方》。
李唐历代帝王都想授予孙思邈爵位，但都被他拒绝了，仍回到乡间为民医病。
孙思邈后来隐居在终南山和五台山，一生行医著述，终生没有入仕。
唐永淳元年，孙思邈与世长辞，享年142岁。留下遗嘱：“要薄葬，不要焚烧那些纸扎的阴间器物，祭祀时不宰杀牲畜。”
肖川接着道：“不知孙神医怎么在此看病？”
孙思邈道：“我在太白山修行采药，这几日来长安城看望好友，于是帮他出诊看病。”
肖川道：“孙神医，最近黄河洪水泛滥，百姓流离失所，瘟疫即将爆发，晋王殿下奉陛下之命，在曲江池地区赈济灾民，小子还请孙神医出山，拯救苍生。”
孙思邈道：“贫道这次出山，也是预感到天下即将瘟疫盛行，所以来长安城好友处看看能不能稍进勉力，多救活几个病人，不过贫道一生崇尚自由，不想被仕途牵扯精力，在朝堂上勾心斗角，当今陛下还是北周权臣时，就邀请贫道去做官，结果被贫道拒绝了，现在我心依旧，所以贫道就在这个小医馆里面行医即可。”
肖川道：“孙神医，小子有一言不知当讲不当讲？”
孙思邈道：“居士不必客气，请讲。”
肖川道：“孙神医医术高明，但是人力有穷尽，浑身是铁能打多少跟钉？您一人之力，能救活一千？一万百姓？小子打算在曲江池建立医学院，招收医学生，把医术药方公诸于世，培养出更多优秀的医生，用集体的力量来战胜瘟疫，拯救百姓生命，到时候能够救活的百姓何止千万？”
孙思邈心中一动，嘴上却道：“可是贫道不想做官。”
肖川一拍大腿，心道“不做官的人真是好人呀，你想要做官我也没法去给你封官呀。”嘴上却道：“孙神医，我保证不让陛下贺晋王殿下封您官，您就做我们曲江池医学院的院长，安心行医、著书立说，把千百年来的药方总结成书，功在当代，利在千秋呀！”
孙思邈道：“好，贫道暂时答应你，不过，贫道将来要是想离开，你不得阻拦。”
肖川道：“孙神医放心，小子绝不阻拦。”
肖川心道：“就怕到时候您老撵都撵不走。”
肖川借机去出恭，在茅房中，神识立刻进入“系统空间仓库”，开始寻找起来。
肖川想要寻找一个秘方，亮瞎孙思邈的双眼，牢牢的吸引住他。
肖川翻看疫情防护书籍，看见里面出现几十种疫情防护措施。
“方法得当，还得药物常见便宜，不然根本配不出那么多药来。”
忽然肖川想起来后世屠奶奶的发明，虽然大隋现有的条件无法提炼出青蒿素，但是青蒿却分布很广，价格也很便宜。
肖川道：“我看看有没有屠奶奶预防疟疾的青蒿疗法配方？”
肖川在屠奶奶论文里找到了青蒿疗法配方，也不上厕所了，兴冲冲的回去找孙思邈显摆。
果然，孙思邈看到青蒿预防的疟疾药方，惊为神方，立刻吩咐小道童去熬制青蒿汤，把肖川抛到了脑后。
第二天，肖川命令来护儿带着二百士卒拿着药方去购买青蒿等药物，长安城里有多少买多少。
又命令屈突通集合剩下的八百士卒，道：“现在黄河泛滥，晋王殿下已经向陛下讨了旨意，负责赈灾，不日曲江池就会来大量的灾民，洪灾过后必有大疫情，伤寒、霍乱、痢疾、疟疾、血吸虫等疾病容易爆发，所以从现在起你们就是卫生兵，是大夫，保持好灾民区的卫生，就能控制住疫情爆发。”
“现在我命令二百人负责在灾民区撒满生石灰，二百人负责清除垃圾，消灭老鼠蚊虫，二百人负责烧热水，让灾民排队洗澡消毒，二百人负责看守灾民区营寨，没有消毒的灾民禁止入内，避免交叉传染。”
屈突通带领八个百夫长领令前去布置。
肖川又在士卒家属中挑选了二百名精明的妇人，负责灾民妇女的卫生。
孙思邈和他的几个好友一起来了，肖川立刻亲自出营门迎接。
肖川道：“欢迎孙神医，医馆主人，诸位神医。”
医馆主人笑道：“万年男爵，在下许智藏，临淄人，因母病而遍览医书，粗通医术，不过我现在已经不是医馆主人了，我想陪着妙应真人一起救治灾民，不知道万年男爵欢迎否？”
肖川大喜，道：“欢迎，太欢迎了。”
孙思邈介绍道：“这是贫道好友巢元方，西华人，擅治风逆症，许胤宗，常州义兴人，善治骨蒸症（肺结核），这是甄氏兄弟，许州扶沟人，大哥甄权，针灸术造诣颇深，兼通药治，弟甄立言，精通本草，善治寄生虫病。”
“各位神医驾到，灾民有救了，百姓之福，皇上之福呀。”
一下子多了五位神医，肖川大喜过望，这下各科人才都齐全了，连忙上前再次见礼，热情的让这些社会地位低下的大夫们百感交集，孤傲自卑情绪一扫而光，一个个挺直了腰杆，神采奕奕。
陆陆续续有学徒来报到，看到曲江池医馆由孙思邈六位神医主持，不由心中欣喜。
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