当然还有一些其他的次要内容，比如各方都将开放各自的边境地区，互相通商往来，降低关税，流通商品贸易；允许［杭州时报］在其他三个朝廷内自由发行；南京政府也邀请三个明藩朝廷派遣官员，留驻南京，以便于互相联络沟通等等。因为这些事项并不涉及各方的根本利益，到也并没有引起多少争议，很快也就确定下来了。
这份在后来被称为是南方抗清统一战线形成的标志性文件，也就是这样被捣鼓出来了。而在后来的档案、历书中，将这件文件称为【南方联盟协议】。
各方代表在协议上签好名之后，也都带着各自的一份协议，离开南京，返回自己的朝廷。不过在各自的朝廷中又都引发了一场争论，有人赞成、也有人反对。不过各方的实权人物心里都清楚，现在南方三朝廷根本无法与商毅相抗衡，而且这协议对自己来说也多少有一些好处，而不利的地方，似乎在目前还真的没有，一但不承认这协议，万一把商毅给遭恼了，真的打过来怎么办？
另外其他三方的不少大臣们也都有这样一个想法，反正有商毅在前面挡着清廷，就让他去和清廷硬拼，等到他们拼个两败俱伤，自己也好坐收渔利。因此在这多重因素之下，虽然也经历了一番争吵，但最终还是认可了这份协议。而随后各方又都各自投入到权力斗争当中去了。至于协议，也没人再理会。
三个明藩朝廷內部的事情，商毅从情报部门那里也都陆续知道一些，大体的发展并不出他的预料，虽然从理论上说，签定的协议本身并没有太大的约束力，随时都可以被撕毁，但三个明藩朝廷肯派人到南京来参加会谈，就基本表示了各方对会谈结果的主要态度。而且协议也充份照顾到各方的现实利益，因此在时局没有发生明显的变化之前，各方也都不会轻易违反这份协议，至少也可以维持一段时间。
那么在短时间内，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以将大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同时第二次琉球战役，以及进攻日本，袭击江户的战斗消息也都陆续传回到南京，战事的进展也十分顺利，一直都按照商毅预定的计划进行，也让人十分放心。因此现在商毅的主要精力还是放在自己內部的调整上，现在要做的事情还有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是举行称王仪式，虽然现在商毅己经称靖北王已经有三个多月了，在南京政府的文件上，也己经使用靖北王的称呼，而且也得到了三个明藩朝廷的正式承认，但由于四方会谈的进行，以及其他的事务商毅始于都没有举行一个正式的加冕仪式。虽然只是称王，但也仍有一套十分复杂的程序和仪式,在中国古代,对这一套程序是非常重视的,因此从理论上说，商毅这个靖北王还不算是名正言顺。
现在其他事情都告一段落，四方会谈也取得了比较好的结果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅进言，应该在南京筑台祭天，选择一个良辰吉曰,正式登台,进冠冕,玺绶讫,面南背北称王。
商毅虽然不喜欢这些繁琐的仪式，但也不好弗众人的意愿，因此也只好同意，但要求一切仪式，都尽量简进行。
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