通过对以上这些元素的重新确认命名，利用化学认识物质世界的大门终于打开了。把物质世界分离成一个个单独的元素，然后再把这些元素重新组合起来，在这一分一合之间，物质世界的奥秘就展现在人类面前了。
对于某些教士来说，这些化学实验的过程就像是在微观层面上复刻了上帝创造世界的神迹。朱由检原本以为，也许会有某些耶稣会教士对此感到被冒犯，而主动退出化学分院。但是他显然有些估计错误，这些耶稣会教士对于这样的化学实验，反而让他们觉得有些乐此不彼。
朱由检所不知道的是，耶稣会的创始人依那爵罗耀拉，这位依那爵罗耀拉一向鼓励会士研究学问，利用学术完成荣主救灵的使命。
后世网上曾经有个笑话，某次各个修会的神父在一起聚会，一屋人正在教堂做晚祷时突然灯灭了。
本笃会修士们按照记忆继续唱祷，一个词都没有错；方济各会修士们拿出吉他，创作了一首赞歌感谢天主赐予的黑暗姐妹；道明会修士们继续开始关于光是神圣知识的重要媒介的研讨；耶稣会士们提出灯突然灭了，是不是代表可以从此取消晚祷；
圣衣会修士们沉入一种缓慢的，有节奏的呼吸和冥思中…主持聚会的堂区神父起身来到地下室，找出工具箱上楼换了灯泡的保险丝。
可见在基督教的各个修会中，耶稣会教士对于学问的敬重，是最没有偏见的一个修会。
而崇祯除了为化学分院的研究员们做了一个化学研究的设计之外，他自然不会忘记开启现代化学工业的基础原料三酸两碱。
硫酸、硝酸、盐酸的实验性制法，东西方的典籍上都有过详细的记录。硫酸和盐酸都能用于纺织品的漂白、印染工序，对于纺织业是极为有用的化工原料。
不过三酸两碱的危险性，也是化工分院损失人手最大的罪魁祸首。不过也因此，化工分院终于建立了一套较为完善的实验室操作手册，而对于酸碱导致的伤害，也有了初步的急救措施。
而经过了几次事故之后，崇祯不仅下令在分院内设置一个医务所，还在化学分院的隔壁建立了一所医院。以保证在化学实验中受伤的人员能够及时得到治疗，虽然现在的医疗措施对于这种化学品伤害有些束手无策，但总算是打消了部分化学分院工作人员的畏惧之情。
朱由检这次过来，其实主要是为了查看煤气发生器能不能实用化。但李次虨显然想让崇祯看一看，这一个多月来化学分院的新成果，免得皇帝真把他们这个化学分院当成了只会烧钱玩的废物。
李次虨拿着一玻璃管紫色的试液对崇祯说道：“陛下，这便是你上次说的，采用高山上的地衣浸出液制成的试液，这种试液遇酸则便成红色，遇碱就变成蓝色。有了这个，我们在实验的时候就不会搞错酸碱液体了…”
虽然被迫上了一堂化学基础课程，但是朱由检还是保持微笑的说道：“那你们可以试着把试液滴在纸张上，然后分别加入少量酸碱，变成红蓝试纸，下次可以通过试纸变色来确定液体的酸碱性，不用老是拿出液体来这么麻烦啊…”
李次虨楞了下，顿时大喜的说道：“果然还是陛下英明，臣一会便去试着做一做。
原本今天陛下不来，臣也要请陛下来参观一下，自从年初时发现硫酸在造纸、纺织品漂泊上的用途，还有采用稀硫酸进行湿法炼铜后，这硫酸的大量制取方式就成了我们化学分院的头等研究大事。
根据陛下所说的接触法过程，其中最重要的还是一个吸收塔和催化剂的问题。
吸收塔采用铅板制作，无非就是多试验几次的事。唯有这个催化剂，确实是让我们寻找了许久。
我们起码试验了数百次，最后终于发现，从热河上营取回来的一些铁矿石中，某些不溶于酸的红色残渣能够起到陛下所说的催化剂的作用，大幅度的把难溶于水的二氧化硫转变成三氧化硫。
如此一来，我们就能大大的减少硝石和硫磺的用量了。不过热河上营毕竟在关外，采集、转运这种铁矿石实在是不太方便。
臣希望能够在大明内陆各铁矿进行寻找对比，找到成分相同的铁矿石。”
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