久经战阵的瓦德斯从洞庭湖号作战时的表现中不难得出，如果是一对一的海战，相同吨位的西班牙大帆船不仅不是对方的对手，甚至连跑都跑不过对方。
而比起明国的舰队，明人的陆军力量才更让人值得敬畏。开战不到10天，明军便分成了东西两路跨过了明荷之间的默认分界线曾文溪，在一周内明军就摧毁了沿路的堡垒和村寨，一北一南合围了台江内海。
大员港周边臣服于荷兰人的十几个土人村社，几乎没怎么抵抗就投降了南下的明军。这只明军虽说是打着明军的旗号，但是台湾本土的士兵却占据了近三分之二，特别是东路军中招募的高山族士兵，对待这些投靠了荷兰人的平原土人尤为凶恶，这使得荷兰控制区域内的村社为了避免被这些高山族士兵屠杀，采取主动向明军投降的举措。
而西路军虽然名声不及东路军凶恶，但是郑芝龙亲自率领的西路军在南台湾屯垦已久，大员港都是当年海盗们让给荷兰人的，因此对于当地的地理和土人村社都极为熟悉，平日里早就同这些村社的首领搭上了关系。
因此西路军南下时，沿路的土人村社就主动加入了西路军，跟着郑芝龙一起去打热兰遮城的荷兰人了。
瓦德斯等西班牙人并不了解这些内情，他们只看到岛上的明军以极短的时间就突破了荷兰人苦心经营的陆上防线，打的荷兰人只剩下了一鲲身上的热兰遮城及安平镇和外围的几处独立炮台。
而对于荷兰人来说最为糟糕的是，在彼得.纳茨担任台湾长官时，为了取悦中国人，彼得.纳茨不仅中断了热兰遮城的修建，还准许中国人对整个热兰遮城进行测量观察，以防止荷兰人偷偷修建城堡。
在彼得.纳茨离开之后，热兰遮城虽然重新开始进行修建，但是明军对于这座未完成的城堡格局却了如指掌，当明军开始进攻热兰遮城时，就很轻松的夺取了热兰遮城东面的安平镇、北面的北线尾小岛和其他鲲身上的几座炮台。
因此在这场进攻大员港的海陆夹击中，联合舰队只是封住了通往台江内海的主航道，并在外围海面侵扰牵制热兰遮城的火力，剩下的活基本上就被明军的陆军给干完了。
而早就测量过热兰遮城工事位置的明军参谋们，在清除了热兰遮城外围工事之后，便调集了主力在十二月十九日夺取了热兰遮城西南方的高地。
这处高地可以俯视整个热兰遮城，但是荷兰人在这座高地上只修建了一座极为简陋的堡垒，普特曼斯原本计划将这座木石结构的堡垒改建为水泥砌石的圆堡，他甚至都已经想好了这座圆堡的名字-乌特利支。
但是中国人收了他的货款之后却迟迟不发水泥，而他向日本订购的水泥又数次被中国商人抢先挪用了，因此这座本应该在一年前开始修建的圆堡，至今也还只存在于图纸上。
明军夺取了这处高地之后，立刻将这座堡垒变成了明军的炮垒。十二月二十七日，明军将三门重炮运上了高地之后，便开始了对热兰遮城内进行连续的射击。
虽然明军使用的只是实心弹，但是这种18磅以上的重炮，对于城墙的破坏力和巨大的声响，每一次的射击都带给了城内守军极大的恐惧。
城内的荷兰守军于是以200里尔的重金招募志愿者去摧毁西南高地上的明军重炮，共有40名士兵、10名枪手与若干水手自愿前往，但是这只勇敢的荷兰志愿者队伍，刚刚抵达西南高地下方，就被早已等候在高地上的明军以排枪和小炮击退了。
志愿者们丢下了近20多具尸体，便仓皇的逃回了热兰遮城内。而在十二月三十日，又有两门重炮被送上了西南高地。在经历了长达一周的重炮射击后，城内的士兵和平民终于不愿再继续坚持下去了，他们劫持了还想继续作战军官，在1636年正月初四向明军升起了白旗。
当日下午用了4个小时的协商，热兰遮城的代表放弃了试图保护公司财产的想法，决定无条件向东协联合舰队投降。而他们得到的保证就是，可以带着自己的随身财物离开台湾。
正月十五日，947名荷兰人带着自己的随身财物乘船前往马尼拉，他们将会在那里转乘荷兰商船返回巴达维亚。至此，台湾全岛都落入了大明手中。郑芝龙第一时间就占据了热兰遮城，将之改名为安平堡，并准备将自己在北港的基地转移到大员港。
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